Secara umum morfologi rajungan berbeda dengan kepiting bakau, di mana rajungan (Portunus pelagicus) memiliki bentuk tubuh yang lebih ramping dengan capit yang lebih panjang dan memiliki berbagai warna yang menarik pada karapasnya. Duri akhir pada kedua sisi karapas relatif lebih panjang dan lebih runcing. Rajungan hanya hidup pada lingkungan air laut dan tidak dapat hidup pada kondisi tanpa air. Dengan melihat warna dari karapas dan jumlah duri pada karapasnya, maka dengan mudah dapat dibedakan dengan kepiting bakau (Kasry, 1996).

Perbedaaanya: KEPITING RAJUNGAN

1. Capit, Rajungan punya capit yang pipih dan panjang. Sedangkan kepiting punya capit yang besar dan bulat.
2. kepiting hidup di air laut dengan kedalaman tidak jauh yang artinya gampang ditemukan (bisa di dalam air/di pinggir pantai),sdgkan rajungan hidupnya di air laut juga tapi lebih dalam dari pada kepiting.
3. Rangka luar/kulit kepiting lebih tebal n keras daripada rajungan.
4. Daging kepiting yang bisa qt makan lebih banyak daripada rajungan.
5. Daging kepiting lebih manis daripada rajungan
6. kepiting lebih tahan lama apabila tidak kena air daripada rajungan
7. harga kepiting lebih mahal daripada rajungan
8. kepiting masih diragukan halal/haram, sedangkan rajungan halal.

Klasifikasi Ilmiah
Kerajaan :Animalia
Filum :Arthropoda
Upafilum :Crustacea
Kelas :Malacostraca
Ordo :Decapoda
Upaordo :Pleocyemata
Infraordo :Brachyura
Species :Callinectes sapidus

Rajungan
Kingdom : Animalia
Phylum : Arthropoda
Class : Crustacea
Ordo : Decapoda
Sub ordo : Branchyura
Famili : Portunidae
Genus : Portunus
Species : Portunus pelagicus

Sumber : http://duniabio.blogspot.com/2010/07/perbedaan-kepiting-dan-rajungan.html